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Epuration par boues activées: les boues sont en suspension libre dans l'eau à traiter et le réacteur créé successivement des périodes aérobie et anoxie, grâce à des injections d'air à intervalle régulier,le meilleur procédé actuellement.

Ces procédés de traitement à boues activées sont écologiques dans la mesure où ils n'utilisent aucun produit chimique pour traiter les eaux usées. Les micro-stations sont également sans odeur car il n'y a pas de fermentation prolongée.

Le principe est de faire dégrader la matière organique (en suspension ou dissoute dans les eaux usées) principalement par des bactéries (dont bactéries filamenteuses), qui seront elles-mêmes mangées par des microorganismes (protozoaires, qui sont surtout des ciliées, en partie responsables de la floculation et source de clarification progressive de l'eau).

Le brassage permanent du milieu permet un meilleur accès des bactéries aux particules et une aération importante nécessaire à la pérennité du système de biodégradation (seule la pollution biodégradable peut être ainsi traitée). Il est suivi d'une décantation à partir de laquelle on renvoie les boues riches en bactéries vers le bassin d'aération.

« Les bactéries filamenteuses relient les flocs entre eux et augmentent le rapport surface/volume, ce qui favorise la flottaison. La capacité de décantation des flocs est donc plus faible. Ce phénomène, appelé "bulking" provoque également des mousses brunes. ». Quand elles sont moins présentes ou absentes, les flocs bactériens sont plus petits et la turbidité plus élevée.